El objetivo del jugador es convertirse en el mejor Entrenador de cartas del mundo. Para lograrlo, comienzas el juego eligiendo uno de tres mazos iniciales: hierba, fuego o agua, cada uno con una estrategia distinta inspirada en los mazos temáticos del TCG original. A partir de ahí, el recorrido consiste en visitar distintos Clubes de Cartas, donde enfrentas a sus Maestros para ganar medallas y avanzar hacia el desafío final, similar al recorrido por gimnasios de las entregas principales.

En cada enfrentamiento, dos jugadores se baten en duelos estratégicos utilizando mazos de 60 cartas. Las reglas son fieles al juego de mesa: eliges un Pokémon activo, juegas cartas de Energía, usas Entrenadores y atacas con tus Pokémon para dejar fuera de combate a los del rival. Al igual que en el TCG físico, cada jugador roba siete cartas al inicio y puede realizar una acción principal por turno, lo que obliga a planificar cada movimiento con cuidado.

Uno de los elementos más interesantes es la presencia del rival, Ronald, quien compite contigo por el título de Campeón del TCG. Su rol añade una sensación de progreso y competencia que mantiene viva la emoción del viaje, incluso en un entorno completamente digital. Además, el juego ofrece la posibilidad de intercambiar cartas y batallar con otros jugadores mediante el cable link del Game Boy, una función revolucionaria para su época.